案例研究：COVID-19 疫情期间病毒株的快速分析

虽然许多研究人员可以找到足以进行病毒基因组分析的商业或开源软件解决方案，但有时测序方案的演变速度比软件更快。在 COVID-19 大流行期间尤其如此，当时开发了创新技术来支持对大量患者样本进行快速测序。一个例子是 ARTIC 网络，它使用 MinION 测序来支持实时流行病学数据的创建。

DNASTAR 最近与德国 Impetus Bioscience 合作开发软件，用于分析通过 ARTIC 协议生成的 Oxford Nanopore 读数。该小组正在使用此协议对德国人群中的 SARS-coV-2 毒株进行测序和鉴定，但需要一个全面的软件解决方案才能从测序数据中获得有用的结果。Impetus 团队没有资源来开发或修改生物信息学命令行工具，而且时间至关重要。

DNASTAR 与团队密切合作，开发出一款软件解决方案，让研究人员无需任何特殊的生物信息学专业知识即可输入测序数据、进行组装并可视化结果。借助 DNASTAR 软件，该团队能够快速轻松地分析数千个样本。

“在我们的实验室中，我们正在通过 PCR 分析 COVID 19 样本。自 2021 年 2 月以来，德国必须对 5% 的 COVID 19 阳性样本进行测序。因此，我们使用了 Oxford Nanopore 技术。测序技术运行良好，但对于数据分析，您无法从 Oxford Nanopore 获得商业软件包。在社区中，您可以找到一些协议，但如果您不熟悉生物信息学（我的意思是编写程序），这些协议不是即插即用的。因此，我们寻找一种易于操作的分析工具。使用 DNASTAR，我们可以在 5-10 分钟内分析 1 个样本的数据集。

我相信很多人在处理 Oxford Nanopore 数据时会遇到问题，因为测序本身在每个实验室都很容易处理，这是一个很大的优势（节省时间和金钱）。但许多像我们这样的小实验室没有用于数据分析的生物信息学。有了 DNASTAR，这个问题就可以解决了。”

-博士。 Olav Grundmann，Impetus Bioscience 研发经理

结论

人类健康取决于我们控制或消灭影响我们和我们所吃食物的病毒的能力。病毒基因组的表征对于研究病毒如何传播和变异至关重要。面对 COVID-19 疫情，病毒学研究得到了世界各地政府的重视和越来越多的支持。

读取测序技术和分析软件的改进使病毒的识别和表征成为日常事件。然而，我们最近的调查显示，研究人员发现了几个他们希望分析软件改进的领域。从不存在的用户界面到缺少功能（例如无法去除宿主 DNA 或比对长序列），糟糕的软件会对正确识别和分析病毒株的能力产生负面影响。

DNASTAR 已经通过完全集成的病毒基因组分析工作流程和直观的界面解决了这些问题，该界面在每个步骤上都提供了指导。我们相信Lasergene提供了最简单、最快和最准确的病毒株识别和特征化软件解决方案。